El registro de Windows se encuentra formado por diferentes archivos que contienen información sobre configuraciones y opciones del sistema. Generalmente cuando desinstalamos un programa, quedan algunos rastros en el registro que son considerados basura.

Con el paso del tiempo y la instalación/desinstalación de programas, por lógica uno tiende a pensar que el registro lleno de entradas inválidas disminuye el rendimiento de Windows y para mantenerlo optimizado, lo ideal es limpiarlo periódicamente. Siempre me pregunté por qué Microsoft no incluye en Windows un limpiador de registro como por ejemplo el de CCleaner, al parecer no lo hacen porque consideran que un registro con algunos cientos de kilobytes no utilizados en claves y valores, no causan un impacto significativo en el funcionamiento y la performance del sistema operativo.
Al menos eso es lo que afirma Mark Russinovich en su blog, un experto en Windows que trabaja para Microsoft:
»… As a result, software uninstalls were often incomplete, leaving behind Registry and file system detritus. A few hundred kilobytes of unused keys and values causes no noticeable performance impact on system operation, but I figured it was natural for a Registry cleaner to be an essential part of running a tight ship for the anal retentive systems administrator.»
Actualización: gracias a un comentario de Rómulo, recordé la existencia de una aplicación online gratuita de Microsoft destinada a la seguridad y el mantenimiento de Windows. Básicamente analiza la PC en busca de programas maliciosos, realiza una limpieza del registro, de los archivos temporales y chequea la fragmentación del disco duro.
Es un poco contradictorio lo que dice Mark Russinovich y lo que figura en la web de ayuda sobre la herramienta. Copio y pego:
»El examen de limpieza encontrará los archivos del Registro y archivos temporales obsoletos y te indicará si es hora de que limpies el disco duro. La eliminación de estos archivos no sólo eliminará el desorden que hay en tu PC, sino que también puede mejorar el rendimiento del equipo. Puedes elegir entre seguir las recomendaciones o personalizar la limpieza.»
Por un lado un experto de Microsoft asegura que el desorden del registro no afecta el rendimiento del equipo y por otro lado proporcionan una herramienta online que elimina ese desorden para optimizar el sistema:

Actualización 2014: la herramienta online comentada ya no se encuentra disponible, Microsoft la dió de baja.

Alberto Degregorio
Independiente de lo tragicómico de mi anterior comentario, estaba recordando q hace justo un año viajé a visitar a mi hijo y por lógica me fui con mi pendrive cargado con los limpiadores. Él y su esposa tienen su notebooks c/u pero para ciertas tareas tienen una computadora de escritorio bastante actualizada. A poco de llegar yo ya la andaba merodeando, toquetedando… con mucho cuidado pq allí mi nuera tiene algunas tareas importantes para las q utiliza programas específicos, Y CON LA NUERA NO SE JODE, así es q máximo cuidado. Observé q estaba instalado el Ccleaner, me conecté a Internet… lento, abrí el Word… lento, seguí como mejor pude. Por el momento me abstuve de actuar en consecuencia. Al día siguiente, reunidos en la mesa les hize el comentario de lo lento q estaba la compu. Rapidamente me respondieron q era pq ya estaba algo viejita. Yo había visto el equipamiento y era tanto o más moderno q el mío en ese momento: Win7 starter, 180 Gb en disco, etc. . Bueno… estuve todo ese día maquinando la forma de atacar y los riesgos q corría. Al día siguiente preparé la valija; por las dudas, me despedí de los niños y allá fui. Bueno… q contar… fue el festival de la limpieza. Le dí con gusto y ganas, desfragmenté el registro y no me dí cuenta q la tarea me había llevado más tiempo de lo q yo suponía. Así es q en ese momento, cuando la voy a probar caen de vuelta mi hijo, nuera y los niños. Mi hijo dice: ¡¡Hola viejito!! estás laburando? Y si… Mi nuera me dice: ¿te falta mucho? pq tengo q pasar algunas cosas urgente,..después te la dejo. Debo haber tragado saliva 23 veces en un segundo. Saqué mi pendrive, apagué la compu y emprendí la retirada escaleras arriba. Me recosté en la cama, la valijita a mi lado y relajado y tranquilo esperé el posible desenlace. Pasaron minutos y nada… una hora y nada. Hasta q vino uno de los niños a avisarme q bajara a cenar Podía ser q no la hubiera usado… pero no, me dí cuenta q si había estado trabajando. Respiré algo aliviado. En un momento de la cena yo saco la conversación de q pufa… tendría q haber hecho tal cosa en la compu pero me olvidé el pen donde tengo esos archivos. Allí mi nuera me dice ¿qué le hiciste a la compu q anda a mil por hora? . Pasaron los días y sin novedad en el frente. No niego q en el registro de esa computadora habían cucarachas, reptiles voladores, etc. pero lo q queda demostrado fehacientemente es que limpiar el Registro sirve y a veces sirve, y mucho.